Nonostante sia il fondatore dell'Istituto Sacro Cuore, San Leonardo Murialdo non venne mai di persona a Modena. Partecipò però alle trattative per l'accettazione del Ricreatorio del "Paradisino", fondato nel 1890 da Mons. Luigi Della Valle, un apostolo della gioventù modenese. Nel 1896, infatti, Mons. Della Valle fu costretto dalle precarie condizioni di salute a cercare una Congregazione religiosa dedita all'educazione dei giovani, cui affidare la continuazione della sua Opera. Incontrò casualmente un giuseppino, Padre Antonio Mòsele, che lo mise in comunicazione con il teologo Leonardo Murialdo. Della Valle apprezzò lo spirito e lo stile educativo del Murialdo, sintetizzato nel motto "Fare e tacere", al Murialdo piacque la nascente Opera di Mons. Della Valle a favore della gioventù e la accettò definitivamente il 18 marzo 1899.

Il Murialdo fu ancora indirettamente presente a Modena quando si decise di dare un nome all'Opera affidata ai Padri Giuseppini. Non avendo potuto intitolarla al defunto Mons. Della Valle per esplicita opposizione del fratello, il primo Direttore, Padre Giuseppe Vercellono, propose al Murialdo di intitolarla al "Sacro Cuore". Il Murialdo acconsentì a tale decisione ricordando "la promessa speciale di Gesù di benedire le case dove fosse esposta e venerata l'immagine del suo Sacro Cuore". Così prese avvio l'Istituto Sacro Cuore, ultima opera per i giovani fondata dal Murialdo in Italia.

L'Istituto Sacro Cuore di Modena, nato come piccolo pre-seminario per pochi studenti, divenuto poi Collegio per allievi interni ed esterni con la scuola elementare e ginnasiale, si è aperto al territorio come Oratorio frequentato da centinaia di giovani.

Tra le tappe più significative della storia del Sacro Cuore possiamo ricordare la nascita dell'Associazione ex allievi, avvenuta nel 1927, e l'apertura del Circolo Piergiorgio Frassati, un oratorio dedicato ai giovani, che nel 1935 fu ricevuto in udienza a Roma da Papa Pio XI. Nel 1951 nacque la Società Sportiva "Lepanto" con una squadra di calcio tra i cui giocatori militarono Maino Neri (giocatore del Modena e della Nazionale) e Corradi (giocatore della Juventus e della Nazionale). L'edificio che ospitava l'Istituto fu ristrutturato e ampliato più volte: nel 1953 venne ampliato il lato est su Viale Storchi, nel 1957-1958 furono rinnovate la facciata di Viale Storchi, il Teatro e la Cappella, nel 1970 ci furono gli ultimi lavori di ampliamento che portarono alla costruzione della nuova palestra, della sala mensa e della biblioteca. Nel 1960, in seguito alla nascita della Parrocchia di S. Antonio in Cittadella, venne chiuso l'oratorio Piergiorgio Frassati. Nel 1963, ottanta pellegrini provenienti dall'Istituto si recarono a Roma in occasione della beatificazione di San Leonardo Murialdo; nel furono oltre 100 per la canonizzazione del Santo avvenuta nel 1970. Il 1987 è, invece, ricordato per l'arrivo delle prime ragazze iscritte al corso di Ragioneria. Nel 1982 l'ex allievo Andrea Ascari, campione di nuoto, morì annegato nel fiume Secchia dopo aver salvato alcuni compagni finiti in una zona pericolosa, ricevendo alla memoria una medaglia d'oro al valore civile. Nel 1985 venne aperto il Liceo Scientifico. Il 5 Maggio 1987 vennero inaugurati il Teatro e la Cappella restaurata grazie anche al contributo raccolto durante il recital dell'ex allievo Luciano Pavarotti. Per il centenario dell'Isituto, nel 1999, vennero ristrutturati l'atrio d'ingresso e la Sala Conferenze Murialdo; nel 2004 la Parrocchia di S. Antonio in Cittadella fu affidata ai Padri Giuseppini.

Attualmente il Sacro Cuore è una delle più importanti scuole di ispirazione cattolica di Modena ed è articolata in Scuola Media e Scuola Superiore con tre distinti indirizzi: Liceo Classico, Liceo Scientifico e Istituto Tecnico Commerciale.

Oggi lo spirito del Murialdo è presente a Modena attraverso l'azione dei Padri Giuseppini, attivi anche nella Parrocchia di S. Antonio in Cittadella e nel Santuario del Murazzo in San Cataldo.